Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen (Ditjen Bimas Kristen) Kementerian Agama yang kita kenal sekarang ini, sebenarnya telah melewati sejarah panjang pembentukannya sejak awal kemerdekaan Republik Indonesia.
Dalam mengisi kemerdekaan yang diyakini sebagai anugerah Tuhan, sangat dibutuhkan pembinaan kehidupan berbangsa yang berlandaskan kepada Tuhan Yang Maha Esa. Karenanya dibentuklah Kementerian Agama RI melalui Penetapan Pemerintah No. 1 S.D. tanggal 3 Januari 1946 dengan Menteri Agama pertamanya Bapak H. Mohammad Rasjidi, sebagai hasil musyawarah Kabinet Sjahrir yang memutuskan untuk membentuk sebuah Kementerian yang secara khusus mengurusi soal agama.
Berdirinya Kementerian Agama dalam jajaran pemerintahan Republik Indonesia juga merupakan penegasan bahwa Negara Republik Indonesia tidak menjadi negara sekuler dan bukan juga negara teokratis. Tugas-tugas yang berhubungan dengan keagamaan yang tadinya diurus oleh beberapa Kementerian, kini diurus oleh Kementerian Agama RI berdasarkan Penetapan Pemerintahan No. 5 S.D tanggal 25 Maret 1946.
Kementerian Agama pada awalnya belum memiliki peraturan yang mengatur tentang sistem organisasi dan tata kerja. Baru tanggal 25 Maret 1946 dengan Peraturan Menteri Agama No. 55/A Tahun 1946 dijumpai 10 (sepuluh) unit organisasi pusat Kementerian Agama, yakni:
- Bagian Umum;
- Bagian Mahkamah;
- Bagian Masjid, Wakaf dan Kaum;
- Bagian Gerakan Agama;
- Bagian Pendidikan;
- Bagian Kebudayaan dan Penerbitan;
- Bagian Urusan Agama Daerah;
- Bagian Perpustakaan;
- Bagian Urusan Haji;
- Bagian Kristen.

Diawal berdirinya Kementerian Agama, telah ada Bagian Kristen yang menangani urusan-urusan yang berhubungan dengan umat Kristen dan Gereja-gereja di Indonesia. Ini artinya umat Kristen di Republik Indonesia bukan warga negara kelas dua atau warga penumpang. Sebaliknya, umat Kristen turut berperan aktif dalam "melahirkan" Negara Republik Indonesia.
Dalam tahun yang sama, tanggal 2 Oktober 1946 terjadi pergantian Menteri Agama. Bersamaan dengan itu terjadi pula perubahan dalam struktur organisasi Kementerian Agama berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 1185/KJ tanggal 20 November 1946 jo Peraturan Pemerintah No. 33 Tahun 1949, yang terdiri dari 10 (sepuluh) unit organisasi. Pada Susunan Organisasi ini Bagian Kristen berubah menjadi Bagian A-II yang melakukan tugas : Urusan Agama Kristen Protestan.
Perkembangan selanjutnya Bagian Kristen beberapa kali mengalami perubahan dan perkembangan, yang diindikasikan dengan perubahan nomenklatur sebagaimana dijabarkan berikut:

Bagian Kristen berdasarkan Peraturan Menteri Agama No. 55/A tanggal 25 Maret 1946;

Bagian Masehi Kristen, dengan Keputusan Menteri Agama No. 1185/K.J. Tanggal 20 November 1946;

E-I Bagian Masehi Kristen, dengan Peraturan Pemerintah No. 33/1549 tanggal 24 Desember 1949, tentang Lapangan Pekerjaan Kementerian Agama;

Bagian D-I Bagian Masehi Protestan berdasarkan Pengumuman Kementerian Agama RI No. D/3173 tanggal 29 September 1950, tentang Susunan/Formasi Kementerian Agama RI;

Bagian F Bagian Kristen berdasarkan Peraturan Menteri Agama No. 9/1952 dan No.10/1952;

Urusan Agama Kristen, dengan Peraturan Magri No. 2/1958 tanggal 5 September 1958 dan No. 3/1958;

Direktorat Urusan Agama Kristen berdasarkan Peraturan No. 47 Tahun 1963; Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Beragama Protestan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 170 Tahun 1966, tanggal 1 Agustus 1966 dan menjadi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Beragama Kristen, dengan Keputusan Menteri Agama No. 56 Tahun 1967, dan No. 91 Tahun 1967; kemudian menjadi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Protestan, dengan Keputusan Presiden No.183/1968 jo No. 39/1969 dan dijabarkan dalam Keputusan Menteri Agama No. 114 Tahun 1969;

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Protestan, berdasarkan keputusan Presiden No. 44 dan No. 45 Tahun 1974 yang dijabarkan dalam Keputusan Menteri Agama;

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat (Kristen) Protestan, dengan Keputusan Menteri Agama No. 18 Tahun 1975;

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen, dengan Keputusan Menteri Agama No. 1 Tahun 2001;

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen dengan Peraturan Menteri Agama RI No. 3 Tahun 2006;

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen dengan Peraturan Menteri Agama RI No. 10 Tahun 2010.

Sejak terbentuknya Direktorat Jenderal Bimbingan Kristen sampai tahun 2006, Ditjen Bimas Kristen telah melakukan banyak tugas pelayanannya dalam pembinaan kehidupan umat beragama di Indonesia.

Masa pelayanan Ditjen Bimas Kristen dari tahun 2001 sampai tahun 2006, melaksanakan tugas berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 1 Tahun 2001 tanggal 3 Januari 2001.

Pada Keputusan Menteri Agama No. 1 Tahun 2001 ini terjadi perubahan nomenklatur dan struktur organisasi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen. Perubahan nomenklatur yang sebelumnya "Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat (Kristen) Protestan" menjadi "Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen". Perubahan yang terjadi dalam struktur organisasi mengalami perkembangan yang cukup memadai untuk meningkatkan optimalisasi pelayanan kepada masyarakat.

Dalam Keputusan Menteri Agama No. 1 Tahun 2001 perubahan yang terjadi pada Direktorat Urusan Agama yaitu terhapusnya:
- Subdit Penyusunan Rencana dan Program Kerja;
- Subdit Tata Usaha Ditura;
- Subdit Bina Sarana.

Tetapi dalam Keputusan Menteri Agama No. 1 Tahun 2001 Ditjen Bimas Kristen juga mengalami penambahan Subdit yaitu:

- Subdit Pembinaan dan Pelayanan Keesaan Gereja;
- Subdit Penyuluhan dan Tenaga Tehnis Keagamaan;
- Subdit Lembaga Keagamaan Kristen;
- Subdit Pendidikan Agama Kristen.

Dengan terbitnya Peraturan Menteri Agama No. 3 Tahun 2006, terjadi lagi perubahan dalam nomenklatur struktur organisasi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen. Perubahan ini lebih membawa angin segar dalam pelayanan kepada umat Kristen di Indonesia, sebab dalam nomenklatur yang baru ini, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen telah memiliki 3 (tiga) unit eselon II yakni:
- Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen;
- Direktorat Urusan Agama;
- Direktorat Pendidikan Agama Kristen.

Di tahun 2009 terbit Peraturan Presiden No. 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara dan PMA No. 1 Tahun 2010 tentang Perubahan Penyebutan dari Departemen Agama menjadi Kementerian Agama serta PMA No. 10 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama, yang menjadi motor perubahan nomenklatur terhadap Struktur Organisasi Ditjen Bimas Kristen. Dalam struktur organisasi yang baru, tetap Ditjen Bimas Kristen memiliki 3 (tiga) unit eselon II, namun berubah nomenklaturnya sebagai berikut:
- Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen;
- Direktorat Urusan Agama Kristen;
- Direktorat Pendidikan Kristen;

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen yang diawali dengan nomenklatur Bagian Kristen telah menunaikan tugas pelayanannya selama 72 tahun sampai sekarang ini. Dalam kurun waktu tersebut Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen telah mengalami 10 (sepuluh) kali pergantian Direktur Jenderal. Para pejabat yang pernah menjadi pimpinan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen dalam periode pelayanannya, telah melaksanakan tugas pengabdian dengan dedikasi yang tinggi untuk memperjuangkan peningkatan kualitas pelayanan masyarakat pada umumnya dan kepada umat Kristen di Indonesia pada khususnya, seperti tertera dibawah ini:
1. Masa kepemimpinan Bapak Martinus Abednego (1946-1973)
2. Masa kepemimpinan Bapak P.N Harefa (1973-1983)
3. Masa kepemimpinan Bapak Drs. Soenarto Martowirjono (1983-1992)
4. Masa kepemimpinan Bapak Drs. Jan Kawatu (1992-1999)
5. Masa kepemimpinan Bapak Dr. (HC) P. Siahaan, S.Th (1999-2004)
6. Masa kepemimpinan Bapak Dr. Jason Lase, S.Th, M.Si (2004-2010)
7. Masa kepemimpinan Bapak Dr. Saur Hasugian, M.Th (2010-2013)
8. Masa kepemimpinan Ibu Oditha R. Hutabarat, M.Th (2013-2016)
9. Masa kepemimpinan Bapak Prof. Dr. Abdurrahman Masóed (2016-2017)
10. Masa kepemimpinan Bapak Prof. Dr. Thomas Pentury, M. Si (2017-Sekarang)

Penelusuran sejarah singkat pelayanan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen dalam menunaikan tugas pokok dan fungsinya ditengah-tengah bangsa dan negara, secara khusus di lingkungan umat Kristen, belumlah memenuhi harapan masyarakat Kristen Indonesia. Namun, dengan bantuan kerjasama dan doa dari seluruh umat Kristen di Indonesia, kedepan Ditjen Bimas Kristen berbenah diri menciptakan pelayanan yang semakin lebih baik, lebih profesional dan lebih terpercaya.

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen saat ini berlokasi di Gedung Kementerian Agama RI Jl. M.H. Thamrin No. 6 Lantai 10-11, Jakarta Pusat, Kode Pos. 10340. Struktur Organisasi Ditjen Bimas Kristen (PMA No. 42 Tahun 2016).